Mabel est une demoiselle pleine d'audace, nourrissant un grand désir : s'introduire dans le milieu animal. Pour y parvenir, elle transpose son esprit dans un automate de type castor afin d'avoir la possibilité de côtoyer d'autres créatures et d'examiner leur façon de vivre.
Par-delà le Royaume Champignon, Mario, Luigi ainsi que Yoshi sillonnent les galaxies en compagnie de Rosalina afin de stopper Bowser Jr., dont l'ambition de libérer son géniteur met en péril l'harmonie cosmique.
